磁碟碎片會增加磁碟磁頭移動頻率，即增加了尋道時間，會降低磁碟讀寫效能，進而影響作業系統及軟體效能。 另外，檔案系統不能承受無限制的碎片。 對現有碎片的更正稱為碎片重組，是將檔案和可用空間重新組織為連續區域的過程。 固態磁碟（SSD）不是真正的磁碟，也不是「旋轉的」，所以沒有檔案碎片問題。